Cây thuốc có nhiễu bộ phận sử dụng khác nhau do vậy có thể dùng toàn cây hoặc dùng tung bộ phận hay phối hợp một số bộ phận trên cây như lá, thân cành, vỏ, hoa, quả, hạt và rễ - củ tùy theo loài cây và bệnh cấn chua trị.

Ngoài tính năng và công dụng riêng của tung bộ phận trên cây bắt buộc phải sử dụng đúng mới cho kết quả tốt và an toàn trong điểu trị thì việc khai thác các bộ phận của cây có thể ảnh hưởng đến môi trường, các đối tượng xung quanh và sụ tồn tại lâu dài của chính loài cây thuốc đó. Trong các bộ phận được khai thác trên cây thì rễ - củ là bộ phận có thể nói là đặc trưng và nhạy cảm nhất.

Nhiêu loài cây cho rễ - củ có công dụng đặc biệt hay có giá trị kinh tế cao hoặc rất cao như: Sâm ngọc linh, Tam thất bắc, Bảy lá một hoa, Ba kích, Đảng sâm, Xáo tam phân...; một số loài cây đa tác dụng, vua làm thục phẩm (rau, gia vị...) vua làm thuốc hay thục phẩm chức năng như: Hành, Tỏi, Gừng, Nghệ, Riềng, Đinh lăng... Đáng chú ý là hấu hết các loại cây được dân gian gọi chung là Sâm đểu là những cây có rễ củ phình to hay có hình thái đặc biệt và có công dụng bổ dưỡng như: Nhân sâm, Đảng sâm, Tiên mao sâm, Bố chính sâm, Thổ cao ly sâm, Sa sâm nam, Sâm đất...

Không chỉ ỏ' khía cạnh khai thác và sử dụng mà ỏ' góc độ trồng và chăm sóc, cây thuốc lấy rễ - củ cũng đòi hỏi các yêu kỹ thuật riêng có tính đặc thù. Mặt khác, thục tế cho thấy việc ưu tiên gây trồng các loài cây thuốc lấy rễ - củ là cẩn thiết để khắc phục tình trạng sản phẩm phân tán và có giá thành cao khi khai thác trong tụ nhiên, không đáp ứng nhu cấu thị trường và phát triển dược liệu theo hướng sản xuất hàng hóa.