Một hệ thống kênh dẫn nước tưới, muốn dẫn và phân phối nước đến từng cánh đồng, từng thửa ruộng một cách hợp lý, phân phối nước đồng đều đến các thửa ruộng theo yêu cầu của sản xuất, cần phải có quy trình vận hành của hệ thống kênh đó. Quy trình định ra:

Lưu lượng lấy nước và thời gian lấy nước, thứ tự lấy nước của từng con kênh trong một đoạn kênh của mỗi cấp kênh trong một hệ thống kênh nào đó.

Cho đến nay ta đã xây dựng và đưa vào quản lý khai thác rất nhiều hệ thống thủy lợi, nhiều hệ thống kênh nhưng chưa có hệ thống thủy lợi và hệ thống kênh nào được lập quy trình dẫn cũng như phân phối nước một cách đồng bộ và đầy đủ. Việc vận hành hệ thống kênh đó để dẫn và phân phối nước chỉ mới lập trên các cấp kênh lớn. Riêng các cấp kênh nhỏ tưới cho đồng ruộng chưa được lập quy trình một cách đầy đủ, việc dẫn và phân phối nước cho những cấp kênh này chủ yếu là làm theo kinh nghiệm.

Do chưa có quy trình dẫn và phân phối nước của hệ thống kênh nên việc tu sửa cải tạo hệ thống kênh thường làm tùy tiện, mỗi người làm một khác, dẫn đến việc phân phối nước cũng như sửa chữa và cải tạo hệ thống kênh không đạt yêu cầu mong muốn.

Tình trạng dẫn và phân phối nước trong một khu tưới, trong một hệ thống kênh có nơi thì thừa nước, có nơi thì thiếu nước, “đầu kênh thì úng, cuối kênh thì hạn” xảy ra thường xuyên. Mực nước trên các cấp kênh không đúng theo thiết kế, khi thời tiết khô hanh thường là đường nước hạ, khi trên hệ thống có mưa vừa, mưa lớn thường là đường nước dâng. Xu thế nhiều địa phương, muốn xin đặt cống trên kênh chính để dễ dàng lấy nước, muốn đặt cống của địa phương mình thật sâu, để lấy thật nhiều nước… đã dẫn đến làm cho đường mức nước trên các cấp kênh bị giảm thấp nghiêm trọng, làm cho việc dẫn và phân phối nước trên các hệ thống kênh bị rối loạn. Một hệ thống thủy lợi, một hệ thống kênh khi đã có quy trình dẫn và phân phối nước (quy trình vận hành hệ thống kênh) và thực hiện đúng quy trình sẽ tạo ra điều kiện cho người quản lý và người sử dụng thực hiện đúng các nhiệm vụ sau đây:

+ Xác định được lưu lượng lấy nước tưới và thời gian lấy nước, thứ tự lấy nước của từng con kênh trong hệ thống kênh tưới đó.

+ Biết được con kênh bất kỳ nào của hệ thống kênh, nếu có diện tích tưới bằng nhau, có cùng cường độ cấp nước tưới, đều được cấp một lượng nước như nhau, dù con kênh đó lấy nước trực tiếp kênh chính hay lấy nước trên kênh cấp hai hay cấp ba…

+ Khi sửa chữa công trình hoặc nâng cấp một cấp kênh của hệ thống kênh không được tùy tiện làm theo ý riêng của mình mà phải tuân thủ quy trình vận hành của hệ thống kênh đó.